২০২১ সালের নভেম্বর মাস থেকে বিচারপতি গঙ্গোপাধ্যায় নিয়োগ প্রক্রিয়ায় অনিয়মের অভিযোগে পশ্চিমবঙ্গ স্কুল সার্ভিস কমিশনের বিরুদ্ধে সিবিআই কে একাধিক তদন্তের নির্দেশ দিয়েছিলেন।
তিনি স্কুল সার্ভিস কমিশনের কর্মকর্তাদের বিরুদ্ধে বেশ কয়েকটি আদেশ জারি করেছিলেন, যার ফলে পশ্চিমবঙ্গের রাজনৈতিক শোরগোল শুরু হয়ে যায়।
২০২২ সালের ১৮ মে বিচারপতি অভিজিৎ গঙ্গোপাধ্যায় প্রাক্তন শিক্ষামন্ত্রী পার্থ চট্টোপাধ্যায়কে শিক্ষক নিয়োগ কেলেঙ্কারির তদন্তের জন্য সিবিআইয়ের সামনে হাজির হওয়ার নির্দেশ দেন।
২০২২ সালের ১৭ মে, অন্য একটি মামলায় তিনি স্কুল শিক্ষা বিভাগের প্রতিমন্ত্রী পরেশ চন্দ্র অধিকারীকে তাঁর মেয়ে অঙ্কিতা অধিকারীর অবৈধ নিয়োগের অভিযোগে সিবিআইয়ের সামনে উপস্থিত হতে বলেছিলেন।
২০২২ সালের সেপ্টেম্বরে বিচারপতি গঙ্গোপাধ্যায় পশ্চিমবঙ্গ স্কুল সার্ভিস কমিশনকে অবৈধভাবে নিযুক্ত স্কুল শিক্ষকদের পরিবর্তে যোগ্য অপেক্ষমাণ তালিকার প্রার্থীদের নিয়োগের নির্দেশ দেন।
২০২৩ সালের জুলাই মাসে কলকাতা হাইকোর্টের বিচারপতি অভিজিৎ গঙ্গোপাধ্যায় পশ্চিমবঙ্গ স্কুল সার্ভিস কমিশনকে (WBSSC) একাদশ-দ্বাদশ শ্রেণির অবৈধভাবে নিযুক্ত ৯০৭ জন শিক্ষকের তালিকা প্রকাশের নির্দেশ দেন।